De koningsmol speelt zich af in twee werelden. Ondergronds is de hoofdrol voor de mol Lode Buys Ballot. In zijn borst wonen twee zielen. De ene ziel verlangt naar een eenzaam bestaan; zijn andere helft wil het liefst bij een groep horen. In zijn dromen verschijnt hij steeds vaker als koning van het mollenvolk. Nu de leefomgeving van Lode en andere mollen van buitenaf bedreigd wordt, breekt de tijd aan om die dromen te realiseren.
Bovengronds treden bioloog Wiert Rozema en zijn gezin op als zijn tegenspelers. Ooit redde zijn dochter Annewiene de mol van de verdrinkingsdood. Het huwelijk van de ouders staat onder spanning. Wiert heeft een romantische hang naar het leven op eenzame, afgelegen plekken. Zijn vrouw deelt zijn natuurliefde, maar verlangt niet naar een hutje op de hei. Op een totaal onverwachte manier komen beide werelden met elkaar in botsing.
Gerrit Jan Zwier is geograaf en antropoloog. Als reisauteur is hij gespecialiseerd in noordelijke gebieden. Naast reisboeken (o.a. Het noordelijk gevoel, Altijd Noorwegen, Te hooi en te gras), schrijft hij natuurboeken (Zwiers Zwammengids) en kinderboeken (Het Kindermuseum).
