Kafka Tamura loopt op zijn vijftiende verjaardag weg van huis om te ontsnappen aan zijn onmogelijke vader. Satoru Nakata is een gehandicapte man op leeftijd, die als voornaamste bezigheid het zoeken naar weggelopen katten heeft en nooit volledig hersteld is van een bizar jeugdtrauma. Terwijl hun verhalen zich ontvouwen praten katten met mensen, vallen vissen uit de lucht, en wordt een brute moord gepleegd, maar de identiteit van zowel dader als slachtoffer is een groot raadsel.